Rakov Škocjan je ena od naših najdlje zavarovanih naravnih znamenitosti. Zaradi izjemnih kraških pojavov v tej 2,5 km dolgi dolini je bil razglašen za naravno znamenitost že leta 1949 (Uradni list LRS, št. 27/49).

Rakov Škocjan je "kras v malem", saj so tukaj zbrani številni kraški pojavi v značilnih oblikah. Dolina je nastala, ko se je zrušil strop nekdanje kraške jame. Na vzhodni strani doline iz Zelških jam izvira rečica Rak, ki prinaša vode s Cerkniškega jezera in ponika v Tkalci jami na zahodnem koncu doline, od koder se vode podzemno stekajo proti Planinskemu polju. Rakov Škocjan pa premore še mnoge druge kraške zanimivosti. Omeniti velja vsaj oba naravna mostova, Malega in Velikega, ki predstavljata ostanek stropa nekdanje jame, ter številne kraške izvire - večji so Prunkovec, Izvir v Biserjevem lazu, Izvir v Biserjevi ločici, Izviri v Burjevki in Kotliči.

Ob nizki vodi Rak ponikne že pred Velikim naravnim mostom, ob visoki vodi pa teče pod mostom v Tkalco jamo. Izjemno visoke vode, kakršne so bile jeseni leta 2000, zalijejo 37 m visoki obok Velikega naravnega mostu prav do vrha.

Rakov Škocjan je del sistema kraške Ljubljanice. V nekaterih izvirih je bil najden polžek (Belgrandiella kusceri), ki je endemit podzemlja Ljubljanice. V dolini raste razmeroma redka praprot močvirska krpača (Thelypteris palustris). Dolino obdajajo jelovo bukovi gozdovi.

Okrog Rakovega Škocjana vodi krožna cesta, ob kateri nas table opozarjajo na kraške znamenitosti. Po dolini pa je speljana naravoslovna učna pot, ki nas pouči o kraških pojavih in o rastlinstvu tega območja.