Ključne naloge zavoda, pomembne za ohranjanje narave in sestavin biotske raznovrstnosti, so:

• zbiranje podatkov o rastlinskih in živalskih vrstah, njihovih življenjskih prostorih in ekosistemih
• evidentiranje in vrednotenje delov narave,
• upravljanje baz podatkov o naravnih vrednotah in sestavinah biotske raznovrstnosti:
  • sloj naravnih vrednot,
  • sloj ekološko pomembnih območij,
  • sloj območij NATURA 2000,
    (vsi trije sloji so na voljo preko Naravovarstvenega atlasa na spletnem naslovu: http://kremen.arso.gov.si/NVatlas/users/login.asp?refurl=%2FNVatlas%2Fewmap%2Easp)
• spremljanje stanja naravnih vrednot in biotske raznovrstnosti,
• pripravljanje strokovnih predlogov ukrepov varstva naravnih vrednot in sestavin biotske raznovrstnosti,
• pripravljanje naravovarstvenih smernic,
• dajanje strokovnih mnenj s področja ohranjanja narave,
• nudenje strokovne pomoči lastnikom naravnih vrednot in lastnikom zemljišč na zavarovanih območjih,
• skrb za ozaveščanje javnosti o pomenu ohranjanja narave.

Zavod je imenovan za strokovni organ Republike Slovenije za izvajanje mednarodne konvencije CITES.

V letu 2003 je Zavod prijavil samostojen projekt Evropske unije LIFE III - Narava z naslovom “NATURA 2000 in Slovenia - management models and information system”. Projekti iz sklopa LIFE so namenjeni oplemenitenju naravovarstvene zakonodaje Evropske skupnosti (ptičja direktiva 79/409/EEC, direktiva o habitatih 92/43/EEC) ter vzpostavitvi območij NATURA 2000 z namenom ohranjanja evropsko pomembnih rastlinskih in živalskih vrst ter habitatnih tipov. Zgoščena predstavitev - poster (letna skupščina Eurosite, september 2004 na Poljskem)