Naravni rezervat se nahaja v neposredni bližini Kopra in predstavlja preostanek morja, ki je nekoč obdajalo mesto. Sestavljata ga polslana laguna, obdana s slanoljubnimi rastlinami in trstičjem ter kmetijska zemljišča na Bertoški bonifiki, ki bodo preurejena v sladkovodno močvirje. To je največje polslano mokrišče v Sloveniji. Rezervat je izjemnega pomena zaradi pestrosti rastlinskih in živalskih vrst. Muljaste plitvine poraščajo sestoji slanoljubnih rastlin, v zatoku pa so številne ptice. V obdobju od leta 1979 do 2000 je bilo opaženih 200 različnih vrst ptic, med njimi 75 gnezdilk in 125 vrst med selitvijo. Med bolj ogroženimi so tudi čapljica, kvakač, čopasta čaplja, grahasta tukalica, močvirski martinec, črnoglavi galeb, tamariskovka.

Nastanek Škocjanskega zaliva in kasneje zatoka je neposredno vezan na razvoj Kopra. O zatoku govorimo od leta 1957, ko je bil zgrajen nasip od mesta Koper do izliva Rižane. Od tedaj pa do skorajšnjega zasutja v osemdesetih letih, se je vodna površina zmanjševala. Na območju lagune kljub vsemu ni zrasla predvidena industrijska cona, ampak je bilo območje zaradi spoznanega naravovarstvenega pomena leta 1998 zavarovano z zakonom (Zakon o naravnem rezervatu Škocjanski zatok, Ur.l. RS št. 20/98). Leto kasneje je bil sprejet Program varstva in razvoja naravnega rezervata, ki predvideva tako sanacijo naravnih razmer kot tudi ureditev rezervata za obisk javnosti. Konec leta 1999 je bila Društvu za opazovanje in proučevanje ptic Slovenije DOPPS podeljena koncesija za upravljanje rezervata. Več o tem na internetni strani www.skocjanski-zatok.org.